股权转让时,如果公司有未弥补亏损的则按以下方法处理:

1、先由新股东向老股东支付现金。

2、若上述两种方式均不能解决问题或出现新的可抵扣亏损情况(如资产减值损失),则由全体股东按照下列顺序进行分摊:(1)以截止至某一时点的所有者权益为基准,(2)根据剩余结存收益和尚未提取法定盈余公积金的情况计算确定各期应分给所有者的比例。
(3)将当期应付所得税款扣除已支付的股利、利息等费用后的金额计入"其他综合收益"。

(4)在缴纳企业所得税前,用其冲抵当期的预提税项及滞纳金后余额部分确认为所得额;
纳税申报表中的《长期投资损益明细》项目反映的是该笔收入的实际成本与实际取得的税前会计收入的差异状况。
《资本公积——其它资本公积》、《留存收益——处置子公司及其他营业外支出》(科目)分别核算企业因取得被投资企业净资产的份额而享有的权利性溢价以及由于出售股票或其他原因所形成的非经营性收入,《专项储备基金》《以前年度损益调整》——科目则是用于记录企业在一定期间内对某些特定项目的积累过程。

3、对于存在可供投资者选择权的股份回购业务而言,应在符合相关条件的情况下采用发行普通股的方式予以实施。
具体程序如下:(1)董事会制定并公告具体的回购方案;
(2)召开临时股东大会通过决议;
(3)授权董事长负责办理有关事宜;
(4)签订正式协议并经工商局批准登记备案;
(5)履行内部决策审批手续;
(6)编制财务会计报告并向社会公开披露信息;
(7)报***核准后方可组织实施。